Si laureò in medicina nel 1878 all'Università di Roma "La Sapienza", dove divenne professore d'igiene. Nel 1880 con Ettore Marchiafava studiò il nuovo protozoo scoperto da Alphonse Laveran, che da loro fu chiamato Plasmodium, e che successivamente si dimostrerà essere l'agente eziologico della malaria. Studiò per anni con i suoi colleghi Ettore Marchiafava, Amico Bignami e Giuseppe Bastianelli la biologia dei plasmodi e la patogenesi della malaria. Celli è infatti noto, specialmente a Roma , per la sua straordinaria e notevole attività di igienista, di sociologo e di deputato.
Eletto alla Camera dei deputati del Regno d'Italia nel 1892, resse l'incarico di deputato per venti anni , promuovendo in particolare l'articolato corpo di norme contro la malaria considerato uno straordinario esempio di legislazione di classe.
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