Fu istituito nel 1655 da Olof Rudbeck il Vecchio , professore di medicina, e già alla fine del XVII secolo annoverava una collezione di 1800 specie di piante.
Fu gravemente danneggiato dall'incendio di Uppsala del 1702, che distrusse quasi completamente la città. Dopo questo evento restò in stato di abbandono finché, nel 1741, non lo prese in gestione, in qualità di direttore, Linneo che ne riorganizzò l'assetto e ne ampliò la superficie.
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