La IJzendijke d'origine a été engloutie par la mer il y a plus de cinq cents ans, mais grâce au duc espagnol de Parme, le lieu a ressuscité à quelques kilomètres de là sous la forme d'un ouvrage défensif. En 1604, le prince Maurice chassa les Espagnols de leur "Fort Ysendijck" et fit immédiatement renforcer les installations défensives. Par la suite, la ville dut surmonter diverses tempêtes espagnoles, françaises et allemandes. IJzendijke se trouvait en 1944 sur la ligne de front dans la lutte pour l'Escaut occidental. Les Belges montrèrent également de l'intérêt pour IJzendijke en 1830.