La città originale di IJzendijke fu inghiottita dal mare oltre cinquecento anni fa, ma grazie al duca spagnolo di Parma rinacque, a poche chilometri di distanza, in forma di un forte difensivo. Nel 1604, il principe Maurizio scacciò gli spagnoli dal loro "Fort Ysendijck" e fece rinforzare immediatamente le opere di difesa. Successivamente, la città dovette resistere a diverse tempeste spagnole, francesi e tedesche. Nel 1944, IJzendijke si trovava in prima linea nella battaglia per la Westerschelde. Anche i belgi mostrarono interesse per IJzendijke nel 1830.