Giemsa studiò farmacia e mineralogia all'Università di Lipsia e chimica e batteriologia a Berlino. Durante i suoi studi, nel 1893, divenne membro della Landsmannschaft Franconia Leipzig. Nel frattempo lavorò come farmacista dalle colonie tedesche in Africa dal 1895 al 1898. Nel 1900 si trasferì ad Amburgo e assunse la direzione del Dipartimento Chimico del neonato Istituto di Amburgo per le malattie tropicali e navali, l'attuale Istituto Bernhard-Nocht di Medicina Tropicale. Giemsa ricevette il titolo di professore nel 1914 e dal 1919 tenne corsi di chemoterapia all'Università di Amburgo.
Il suo campo di lavoro era principalmente l'igiene tropicale. Qui condusse ricerche con successo nel campo di nuovi principi attivi e introdusse nuove terapie. La colorazione Giemsa che sviluppò come miglioramento della colorazione Romanowsky per i protozoi porta il suo nome ed è ancora oggi utilizzata. Giemsa fu insignito della medaglia Bernhard-Nocht. Nel 1936 fu eletto membro della Leopoldina.
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