Giemsa estudió farmacia y mineralogía en la Universidad de Leipzig y química y bacteriología en Berlín. Durante sus estudios, se convirtió en miembro de la comunidad estudiantil Franconia Leipzig en 1893. Entre tanto, trabajó como farmacéutico en las colonias alemanas en África de 1895 a 1898. Se mudó a Hamburgo en 1900 y asumió el departamento químico en el recién fundado Instituto de Enfermedades Marítimas y Tropicales de Hamburgo, el actual Instituto Bernhard-Nocht de Medicina Tropical. Giemsa recibió el título de profesor en 1914 y comenzó a dar clases sobre quimioterapia en la Universidad de Hamburgo a partir de 1919.
Su campo de trabajo fue principalmente la higiene tropical. Aquí investigó con éxito en el campo de nuevos principios activos e introdujo nuevas terapias. La tinción de Giemsa, desarrollada por él como mejora de la tinción de Romanowsky para protozoos, lleva su nombre y todavía se utiliza hoy en día. Giemsa fue galardonado con la medalla Bernhard-Nocht. En 1936 fue elegido miembro de la Leopoldina.
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