La IJzendijke original fue absorbida por el mar hace más de quinientos años, pero gracias al duque español de Parma, el lugar resurgió, a unos kilómetros de distancia, en forma de una fortaleza defensiva. En 1604, el Príncipe Mauricio expulsó a los españoles de su "Fort Ysendijck" y de inmediato ordenó el refuerzo de las obras de defensa. Desde entonces, la ciudad ha tenido que soportar varias tormentas españolas, francesas y alemanas. IJzendijke se encontraba en 1944 en la línea del frente durante la lucha por el Escalda occidental. También los belgas mostraron interés por IJzendijke en 1830.