Den oprindelige IJzendijke blev for mere end fem hundrede år siden opslugt af havet, men takket være den spanske hertug af Parma genopstod stedet nogle kilometer væk i form af et forsvarsanlæg. I 1604 fordrede Prins Maurits spanierne fra deres "Fort Ysendijck" og fik straks forstærket befæstningerne. Derefter måtte byen gennemgå flere spanske, franske og tyske storme. IJzendijke lå i 1944 i frontlinjen ved kampen om Westerschelde. Også belgerne viste interesse for IJzendijke i 1830.