Dopo avere lavorato con Leopold Gmelin a Heidelberg, e con Justus von Liebig a Gießen, Williamson passò tre anni a Parigi per affinare gli studi in matematica. Nel 1849 Williamson fu nominato professore di chimica pratica allo University College di Londra, e dal 1855 fino al suo ritiro nel 1887 mantenne la cattedra di chimica.
Nel 1885 venne eletto membro della Royal Society, per la quale fu segretario straniero dal 1873 al 1889. Fu due volte presidente della London Chemical Society dal 1863 al 1865 e dal 1869 al 1871. Il 25 gennaio 1885 divenne Socio dell'Accademia delle Scienze di Torino.
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