L'Orto botanico di Leida è il più antico orto botanico dei Paesi Bassi, e uno dei più antichi del mondo. Esso si trova nella parte a sud ovest del centro storico della città, tra l'edificio dell'Accademia e l'Osservatorio di Leida.
Nel 1587 la giovane Università di Leida richiese al Borgomastro di Leida il permesso per la fondazione dell'hortus academicus dietro all'edificio dell'Accademia, a beneficio degli studenti di medicina. Il permesso fu concesso nel 1590, e come prefetto fu incaricato il famoso botanico Carolus Clusius , che giunse a Leida nel 1593. La conoscenza, la reputazione e i contatti internazionali di Clusius gli permisero di organizzare una collezione di piante molto vasta. Clusius ordinò anche alla Compagnia Olandese delle Indie Orientali di raccogliere specie di piante fresche ed essiccate. Il giardino originale costruito da Clusius era piccolo , ma conteneva più di 1000 piante diverse.
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