Im 19. Jahrhundert befand sich der Märjelensee am Rande des höheren Aletschgletschers ("Gletscherkantensee") und der Gletschersee war 1½ Kilometer lang und ½ Kilometer breit. Die 24 Überschwemmungen des Sees in diesem Jahrhundert, die durch plötzliches Abfließen von Wasser aus den Gletscherspalten verursacht wurden, verursachten schwere Schäden im Tal am Grund des Aletschgletschers. Aber auch im benachbarten Fieschertal kam es wiederholt zu Überschwemmungen. Um weitere Schäden durch Überflutung des Eisreservoirs zu verhindern, wurden 1828 und 1829 Kanäle in Richtung Fieschertal gebaut. Sie wurden jedoch von den Bewohnern ausgefüllt, die kein Interesse an zusätzlichem Wasser in ihrem Tal hatten. Im Sommer 1895 wurde ein 900 Meter langer Relief-Tunnel gebaut, um Überschwemmungen zu begrenzen. Aufgrund des Rückzugs des Gletschers und damit eines niedrigeren Wasserspiegels im Märjelensee wurde dieser Tunnel 1896 nur einmal genutzt. Heutzutage gibt es neben dem Märjelen-Stausee einige kleine Seen, die zusammen Märjelensee genannt werden.

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